Флора мхов, грибов и низших растений заповедника изучена фрагментарно, что не позволяет дать достоверную информацию о наличии редких видов этих групп растений. Несколько подробнее изучена флора лишайников. Из представителей этой группы, достоверно отмеченных для территории заповедника, редким признается только один вид: Лобария легочная. Этот вид ранее встречался в Жигулях, но после закрытия Куйбышевского заповедника в 1951 г. он здесь уже ни разу не был обнаружен. Повидимому этот вид исчез, и причиною его исчезновения послужило загрязнение атмосферного воздуха, связанное с добычей нефти и развитием иной промышленности в регионе.